Bố ông là một công chức. Mẹ ông làm nghề thủ công và buôn bán nhỏ. Lên 8 tuổi, ông mồ côi cha. Từ rất sớm, Nguyễn Văn Huyên đã được gia đình tạo điều kiện cho học hành cẩn thận, lúc đầu học chữ Hán sau chuyển sang học chữ quốc ngữ.

Năm 18 tuổi, Nguyễn Văn Huyên và người em trai được gia đình cho sang Pháp du học. Năm 20 tuổi, ông đỗ tú tài. Một năm sau đỗ cử nhân văn chương, năm tiếp theo đỗ thêm một bằng cử nhân Luật. Năm 1934 ông là người Việt Nam đầu tiên bảo vệ luận án Văn học tại Đại học Sorbonne, Paris - một trường đại học lớn nhất, có uy tín nhất nước Pháp và nổi tiếng trên thế giới. Luận án của ông được xếp loại xuất sắc và được Hội đồng giám khảo đánh giá là "một sự kiện đáng ghi nhớ" trong lịch sử nhà trường.

Trong thời gian ở Pháp, ông dạy học 3 năm tại Trường Ngôn ngữ Phương Đông. Sau khi đỗ tiến sĩ, ông quyết định về nước làm việc, khước từ mọi lời mời ra làm quan, cũng như các hứa hẹn khác của chính quyền thực dân lúc đó, ông đã đi dạy học ở Trường Bưởi (nay là Trường THPT Chu Văn An, Hà Nội) được hơn 3 năm (1935 - 1938). Sau đó, mặc dù có bằng cấp cao nhưng là người Việt Nam bị Tây chèn ép, ông quyết định chọn một "nghề tự do", chuyên tâm nghiên cứu khoa học, đi sâu tìm tòi phát hiện về Dân tộc học, Sử học, Văn hoá Việt Nam. Với các công trình nghiên cứu khoa học xuất sắc, ông đã được cử làm Uỷ viên thường trực Viện Viễn Đông Bác cổ từ năm 1938, Uỷ viên Hội đồng nghiên cứu khoa học Đông Dương năm 1941.

Một quyết định có tính chất bước ngoặt trong cuộc đời Nguyễn Văn Huyên đó là vào năm 1938: Ông tham gia Hội truyền bá chữ quốc ngữ, một tổ chức văn hoá yêu nước hoạt động công khai do Đảng Cộng sản Đông Dương gián tiếp lãnh đạo. Ông là một trong những Uỷ viên Ban trị sự của Hội ở Bắc Kỳ. Trong những ngày sôi động của cách mạng, ông là một trong những người đại diện trí thức thủ đô ký bức điện yêu cầu Bảo Đại thoái vị nhường quyền kiểm soát đất nước cho nhân dân.

Cách mạng tháng Tám thành công, ông được cử làm Tổng Giám đốc Đại học vụ, Bộ Quốc gia Giáo dục và kiêm Giám đốc Viện Bác cổ. Ngày 15.11.1945, tại hội trường 19 Lê Thánh Tông, lễ khai giảng năm học đầu tiên của Đại học Quốc gia Việt Nam đã được tổ chức long trọng do đích thân Chủ tịch Hồ Chí Minh chủ tọa. Trong buổi lễ trang trọng và mang ý nghĩa lịch sử lớn lao ấy, Giám đốc Đại học vụ thuộc Bộ Quốc gia Giáo dục Nguyễn Văn Huyên đã đọc một bài diễn văn quan trọng. Ông nói: "Trong buổi lễ hôm nay, anh em giáo sư và sinh viên chúng tôi muốn tỏ rõ cho thế giới biết rằng trong giờ phút nghiêm trọng của tiền đồ Tổ quốc này, dân tộc Việt Nam, ngoài công cuộc đấu tranh bằng xương máu trên chiến địa cũng nỗ lực tham gia vào công cuộc tiến triển văn hoá của nhân loại. Chúng tôi muốn rằng nền đại học mới này là một lực lượng mạnh trong những lực lượng của Việt Nam. Chúng tôi muốn nó làm một thành luỹ để trường kỳ kháng chiến phục hồi hoàn toàn lãnh thổ, và giải phóng tinh thần cho dân tộc chúng tôi là một dân tộc văn hiến có ngoài nghìn năm lịch sử độc lập và đã tự gây nên một nền văn minh đặc sắc trên ven bể Thái Bình Dương này." Có thể coi đây như một lời tuyên ngôn về sứ mệnh và tôn chỉ của nền giáo dục đại học Việt Nam trong thế kỷ XX.

Sau buổi lễ khai giảng long trọng đó, Nguyễn Văn Huyên còn được Chính phủ và Chủ tịch Hồ Chí Minh giao phó nhiều nhiệm vụ quan trọng khác, kể cả việc tham dự 2 hội nghị quan trọng liên quan đến vận mệnh của đất nước: Hội nghị Đà Lạt và Hội nghị Fontainebleau.

Tháng 11.1946, Chủ tịch Hồ Chí Minh cử ông làm Bộ trưởng Bộ Giáo dục. Ông ở cương vị này đến khi mất (19.10.1975) vừa đúng 29 năm. Ông là đại biểu Quốc hội các khoá II, III, IV, V; Uỷ viên Uỷ ban Khoa học Nhà nước; Phó chủ tịch Hội Khoa học Lịch sử Việt Nam...

Thời gian hoạt động của ông càng lùi vào dĩ vãng, vị trí, vai trò, ý nghĩa các công trình khoa học, cuộc đời dạy học và lãnh đạo giáo dục của Nguyễn Văn Huyên càng được nhiều người nhận biết rõ hơn: một đời hoạt động gắn bó máu thịt với sự nghiệp khoa học và giáo dục dân tộc, dân chủ, xã hội chủ nghĩa của đất nước ta, đã được Đảng, Nhà nước và nhân dân ghi nhận. Các thế hệ nhà khoa học, các nhà giáo noi gương ông, tiếp nối một sự nghiệp đầy vinh quang và trọng đại như một quốc sách hàng đầu.

Nguyễn Văn Huyên là người đặt nền móng cho ngành nghiên cứu văn hoá Việt Nam. Từ năm 1944, ông đã công bố cho độc giả, nhất là độc giả phương Tây, biết rằng nhân dân Việt Nam đã phát triển văn hoá của mình đậm đà bản sắc dân tộc, đạt đến đỉnh cao như ông đã đặt tên cho một cuốn sách dày 280 trang xuất bản năm đó là "Văn minh Việt Nam". Nền văn minh này dựa vào một kết cấu xã hội hết sức đặc thù là Nhà - Làng - Nước tạo nên một sức mạnh tinh thần vô giá mà ngày nay đã thành một chân lý phổ biến: nói về văn hoá, xã hội, con người Việt Nam, đều đã khẳng định lại như vậy, hoặc lấy đó làm một tiền đề.

Ông có nhiều công trình nghiên cứu nổi tiếng, góp phần khẳng định người Việt Nam có tín ngưỡng riêng của mình thể hiện qua việc thờ thành hoàng như Phù Đổng, Tản Viên, Chử Đồng Tử... Và từ luận án tiến sĩ đến những công trình công bố về sau như một hướng tập trung nghiên cứu của ông là văn học dân gian, lễ hội truyền thống, kiến trúc dân tộc, địa lý học lịch sử, cấu trúc giai tầng trong xã hội nông thôn. Đọc các tác phẩm của ông, các nhà nghiên cứu đều khâm phục tác giả đã thể hiện một phương pháp khoa học và văn phong mẫu mực. Nhưng một đặc trưng nổi bật hơn là những triết lý nói về cuộc sống của dân tộc Việt Nam, như qua mô tả lễ hội Phù Đổng ông đã đi đến khái quát rằng trung, hiếu, thuận, nghịch là nét đặc trưng trong đời sống tinh thần của nhân dân ta. Một kết luận tổng quát rút ra từ tất cả các công trình nghiên cứu của ông đã nói lên sức sống của các dân tộc ở nước ta qua sự lao động hết sức sáng tạo của mình, "tự tạo lấy cuộc sống của riêng mình", "không chịu sao chép" (Văn minh Việt Nam, 1944, tr.131) máy móc của bất cứ ai.

Đó là một số kết luận khoa học đầu tiên về Việt Nam học nói lên tinh thần Việt Nam, khí phách Việt Nam. Và đó cũng là tâm hồn của chính nhà khoa học Nguyễn Văn Huyên làm cuộc đời ông gắn liền với vận mệnh của đất nước, sự nghiệp của ông là sự nghiệp phục vụ nhân dân, đưa ông đến với cách mạng, với Đảng. Ông đã trở thành một trí thức yêu nước tiêu biểu, một nhà giáo cách mạng, người chiến sĩ rất trung thành với lý tưởng cao đẹp của dân tộc ta và Đảng ta.

Đánh giá về sự nghiệp hoạt động khoa học của ông, mà chủ yếu là trong lĩnh vực văn hoá dân gian, GS. Trần Quốc Vượng đã viết trong bài "Nguyễn Văn Huyên và không gian văn hoá vùng châu thổ Bắc Bộ"nhân dịp kỷ niệm 85 năm ngày sinh Nguyễn Văn Huyên như sau:

"Ông là một nhà khoa học nhân văn lớn và hiện đại đầu tiên ở nửa đầu thế kỷ XX này...

Lớn, vì ông để lại - chỉ trong khoảng mươi, mười lăm năm hành nghề khoa học - một khối lượng công trình bao quát nhiều lĩnh vực Sử học, Dân tộc học, Folklore học... Chỉ riêng trong lĩnh vực Folklore, "điểm nhìn" (Le Point) của ông soi rọi từ các nhà sàn truyền thống đến lịch sử một làng, từ họ hàng kiểu Việt đến một vị thành hoàng, tự một phường hát múa Ải Lao - Tùng Choặc trong lễ hội Gióng đến những làn điệu dân ca ví đối gái trai, từ tín ngưỡng Thần nước đến Đạo thần tiên, từ mẫu Liễu đến Đạo nội dân gian...

Lớn, vì ông đi từ sự miêu tả cụ thể, tỉ mỉ, chính xác từng sự kiện văn hoá - nhân văn đến những khái quát khoa học về thể loại dân ca, về cội nguồn dân tộc, về văn minh Việt Nam.

Giới nghiên cứu trẻ / già hôm nay còn được học và phải học ở ông nhiều về phương pháp luận và các phương pháp tiếp cận những sự kiện nhân văn, vừa cụ thể vừa tổng thể.

Khoa học là cụ thể (concret): Mọi công trình của ông đều bắt nguồn tự sự quan sát rồi miêu tả những sự kiện cụ thể chứ không xuất phát từ những giáo điều (dogme) hay những nguyên lý, tiền đề có sẵn, thậm chí được coi là tiên nghiệm, vĩnh hằng. Mãi mãi ông là mẫu mực của sự miêu tả cái cụ thể, như nó vốn có và như ta nhìn thấy, quan sát được mà không vội lược quy / quy giản vào những sơ đồ, lược đồ đóng khung sẵn trong đầu óc mình.

Miêu tả cái cụ thể, với một cố gắng khách quan tối đa, nói thì dễ, làm mới thấy khó. Người ta chê trách, mà đa phần là đúng, nhiều bài viết, sách báo dân tộc học hiện đại, gọi là "mác xít" mà thiếu sự quan sát cụ thể, khách quan, không miêu thuật trước tiên các sự kiện văn hóa - nhân văn mà đã vội xen vào những nhận xét chủ quan, thậm chí những phán xét vội vã cho có vẻ là có lập trường, quan điểm mác xít. Đó là giả mác xít (faux - marxiste) theo tôi, còn G. Condominas thì cứ gọi là Marxiste Orthodoxe (chính thống).

Miêu tả cái cụ thể, cho chính mình, cho những người không được đi đến điền dã và quan sát trực tiếp cái đương thời như mình và, do vậy, cho cả thế hệ nghiên cứu sau này, một khi sự kiện văn hoá dân gian ấy đã "một đi không trở lại" hay đã bị "méo mó", "biến đổi" theo một xu hướng "thời sự hoá" (evhémérisation) nào đó.

Đó là lẽ vì sao các công trình của ông đa phần hay tất cả - vẫn trường tồn cho đến hôm nay và mai sau. Các công trình ấy vẫn luôn luôn được dẫn dụng bởi nhiều nhà nghiên cứu trong / ngoài nước, dẫu rằng họ có những cái nhìn khác nhau, thậm chí đối nghịch nhau...

Tóm một câu: Nguyễn Văn Huyên và các thành tựu nghiên cứu khoa học của ông vẫn sống động mãi trong tâm trí và tác phẩm của lớp người Việt học, đàn em - đàn con - đàn cháu của ông!"

Gần 30 năm (1946 - 1975) làm Bộ trưởng Bộ Giáo dục, GS.TS Nguyễn Văn Huyên đã cùng với đội quân giáo dục và các tầng lớp nhân dân dưới sự lãnh đạo của Đảng xây dựng nên nền quốc học nhân dân, đã xoá bỏ được tình trạng 95% dân số mù chữ, tổ chức một mạng lưới trường học trên mọi vùng của miền Bắc, qua đó dựng nên một hệ thống giáo dục khá hoàn chỉnh, giáo dục thế hệ trẻ nước nhà trở thành những người công dân tốt, cán bộ tốt, phục vụ đắc lực công cuộc giải phóng đất nước, thống nhất Tổ quốc và xây dựng chủ nghĩa xã hội ở miền Bắc. Tên tuổi Nguyễn Văn Huyên gắn liền với sự nghiệp giáo dục dân tộc, dân chủ và xã hội chủ nghĩa của nước nhà, cuộc đời sự nghiệp của ông giữ một vị trí xứng đáng trong lịch sử nền giáo dục Việt Nam hiện đại.

Năm 2000, ông được Nhà nước CHXHCN Việt Nam truy tặng Giải thưởng Hồ Chí Minh về khoa học và công nghệ, một đường phố ở thủ đô Hà Nội và ở thành phố Hồ Chí Minh được mang tên ông. Bảo tàng Dân tộc học Việt Nam đặt trên đường Nguyễn Văn Huyên, một trường phổ thông cơ sở ở quê nội huyện Hoài Đức, tỉnh Hà Tây và một trường nội trú ở Hà Nội đã được đặt tên là Trường Nguyễn Văn Huyên... đó là sự quý mến, ưu ái của nhân dân, Đảng và Nhà nước ta dành cho ông, ghi nhận cống hiến lớn lao của một một nhà khoa học lớn, một nhân cách lớn./.